Когда стрелки часов приближались к 20.00, люди заметили, что море отступило от берега значительно дальше, чем при обычном отливе. Затем послышались неясные свист и шум, перешедшие в рев, после чего морской горизонт стал на глазах подниматься, от него отделилась огромная волна высотой примерно 38 м и обрушилась на побережье. За ней последовала целая шеренга из семи гигантских смертельных волн, которые разрушили более 10000 домов, унесли в море свыше 22000 человек.
Цунами уничтожило множество деревень на территории площадью 800 км2. Его сила была настолько велика, что на берегу впоследствии находили раздробленные тела, лишенные конечностей, груды обломков бывших строений и бытовых предметов. Девятиметровые волны цунами докатились даже до Гавайских островов, где разрушили пристани и увлекли в океан несколько домов.
Хотя магнитуда самого землетрясения составляла 7,2, сила цунами (вычисляется так же, как и в случае с землетрясением) достигала 8,2. Разность величин озадачила ученых, и они выдвинули предположение, что это могло быть связано с оползанием подводного откоса, образовавшегося в результате землетрясения, или с очень медленным разрывом земной коры.
Эпицентр землетрясения находился на дне Тихого океана недалеко от острова Хонсю. Этот катаклизм и последовавшее после него цунами вошли в Книгу рекордов Гиннесса в качестве одной из самых масштабных катастроф, связанных с цунами, по количеству жертв.